Sí, existen los que se denominan programas de virtualización que te permiten correr otros sistemas operativos incluyendo Windows,BSD etc
Hay algo que quiero aclarar para que no haya confusión:Wine no es una máquina virtual.Es
es una reimplementación de la API de Win16 y Win32 para sistemas operativos basados en Unix.Es un programa que te permite correr aplicaciones y juegos(ejecutables exe) que son para Windows en GNU Linux.Pero no es un programa de virtualización ya que no emula el so completo sino sus aplicaciones
En toda virtualización hay un sistema anfitrión y otro alojado.En el caso que tu propones el anfitrión sería GNU Linux y el alojado Windows
Los programas de virtualización que existen para GNU Linux son:
1)Virtualbox.El más sencillo y práctico con buenos resultados
VirtualBox carece de algunas funcionalidades, pero provee de otras como la ejecución de maquinas virtuales de forma remota, por medio del Remote Desktop Protocol (RDP), soporte iSCSI.
En cuanto a la emulación de hardware, los discos duros de los sistemas invitados son almacenados en los sistemas anfitriones como archivos individuales en un contenedor llamado Virtual Disk Image, incompatible con los demás software de virtualización.
Otra de las funciones que presenta es la de montar imágenes ISO como unidades virtuales ópticas de CD o DVD, o como un disquete.
http://www.virtualbox.org/
2)VMware Entre este software se incluyen VMware Workstation, y los gratuitos VMware Server y VMware Player.
VMware Player Es un producto gratuito que permite correr máquinas virtuales creadas con productos de VMware. Las máquinas virtuales se pueden crear con productos más avanzados como VMware Workstation, o con el propio VMware Player desde su versión 3.0 (las versiones anteriores no incluyen dicha funcionalidad).
VMware es similar a su homólogo Virtual PC, aunque existen diferencias entre ambos que afectan a la forma en la que el software interactúa con el sistema físico. El rendimiento del sistema virtual varía dependiendo de las características del sistema físico en el que se ejecute, y de los recursos virtuales (CPU, RAM, etc.) asignados al sistema virtual.
Mientras que VirtualPC emula una plataforma x86, Vmware la virtualiza, de forma que la mayor parte de las instrucciones en VMware se ejecutan directamente sobre el hardware físico, mientras que en el caso de Virtual PC se traducen en llamadas al sistema operativo que se ejecuta en el sistema físico.
3)BOCHS Otra alternativa http://bochs.sourceforge.net/
4)Quemu aunque tiene algunos problemas tales como Soporte incompleto para Microsoft Windows como huésped y otros sistemas operativos (la emulación de estos sistemas es simplemente buena): fue mejorado en versiones recientes.
Soporte incompleto para las arquitecturas utilizadas menos frecuentemente.
5)KVM Kernel-based Virtual Machine , o KVM, (en español Máquina virtual basada en el núcleo) es una solución para implementar virtualización completa con Linux sobre hardware x86. Está formada por un módulo del núcleo (con el nombre kvm.ko) y herramientas en el espacio de usuario, siendo en su totalidad software libre. El componente KVM para el núcleo está incluido en Linux desde la versión 2.6.20.
KVM permite ejecutar máquinas virtuales utilizando imágenes de disco que contienen sistemas operativos sin modificar. Cada máquina virtual tiene su propio hardware virtualizado: una tarjeta de red, discos duros, tarjeta gráfica, etc.
Distribuciones como Red Hat Enterprise Linux lo han incorporado y se ve como una buena opción en desarrollo
http://www.linux-kvm.org/page/Main_Page
6)Xen es una máquina virtual de código abierto desarrollada por la Universidad de Cambridge.
La meta del diseño es poder ejecutar instancias de sistemas operativos con todas sus características, de forma completamente funcional en un equipo sencillo. Xen proporciona aislamiento seguro, control de recursos, garantías de calidad de servicio y migración de máquinas virtuales en caliente. Los sistemas operativos pueden ser modificados explícitamente para correr Xen (aunque manteniendo la compatibilidad con aplicaciones de usuario). Esto permite a Xen alcanzar virtualización de alto rendimiento sin un soporte especial de hardware. Intel ha realizado diversas contribuciones a Xen que han permitido añadir soporte para sus extensiones de arquitectura VT-X Vanderpool. Esta tecnología permite que sistemas operativos sin modificar actúen como hosts dentro de las máquinas virtuales de Xen, siempre y cuando el servidor físico soporte las extensiones VT de Intel o Pacifica de AMD.
Es mucho más sofisticado pero más complejo porque requiere muchos ajustes http://www.xen.org/