Pienso que es mejor GNU Linux por las razones que expongo a continuación
A)Libertad porque GNU Linux está constituido en su mayor parte o totalmente por software libre
0 la libertad de usar el programa, con cualquier propósito.
1 la libertad de estudiar cómo funciona el programa y modificarlo, adaptándolo a tus necesidades
2 la libertad de distribuir copias del programa, con lo cual puedes ayudar a tu prójimo.
3 la libertad de mejorar el programa y hacer públicas esas mejoras a los demás, de modo que toda la comunidad se beneficie.
Las libertades 1 y 3 requieren acceso al código fuente porque estudiar y modificar software sin su código fuente es muy poco viable.
B)Seguridad En GNU Linux casi no existe malware ni virus(hay una treintena pero son de laboratorio y no conozco en los años que tengo un solo reporte de infección en este sistema
En Windows en cambio hay alrededor de 50000 virus en las bibliotecas y los reportes de amenazas en estudios serios que se han realizado (como el de Symantec)llegan a 1650000.
Dado que ningún antivirus del mercado te puede proteger más alla de un 98% y aparecen diariamente nuevas amenazas estás expuesto a varias decenas de ataques por día.
En GNU Linux no se pueden ejecutar binarios sin permiso de administrador o root y como lo más común es que te loguees como usuario común en un sistema con directorios tipo Unix como es Linux es muy dificil hacerse de esos privilegios por lo que un atacante tiene pocas probabilidades de éxito.En cambio en Windows es fácil escalar privilegios robar una contraseña y hacerse del control del equipo
Además los cortafuegos que hay para GNU Linux se integran con el kernel lo que los hace mucho más poderosos que los de Windows
En síntesis GNU Linux es muchísimo más seguro que Windows
C)Estabilidad EN GNU Linux en caso de que se cuelgue un programa puedes ver cual es el proceso que se está corriendo y matarlo en terminal con el comando Kill y continuas trabajando
En Windows en la misma situación se te cuelga todo el sistema
Además en Windows se produce mucha más fragmentación lo que provoca un enlentecimiento progresivo del sistema con el uso a diferencia de lo que ocurre en GNU Linux que sigue siempre igual.Además no tenés un registro que se llena de basura como en Windows
D)Eficacia GNU Linux utiliza muchos menos recursos de hardware que Windows para hacer las mismas cosas:Compara la última versión de Windows con los requerimientos de un Ubuntu 9.10 por ejemplo Windows(según Microsoft)http://windows.microsoft.com/es-XL/windo…
Requerimientos de Ubuntu(según Wikipedia)
* Procesador: 700 MHz x86.
* Memoria RAM: 384 MB.
* Disco duro: 8GB.
* Tarjeta gráfica capaz de soportar una resolución de 1024x768.
* Tarjeta de sonido.
* Conexión a Internet.
Es decir que para lograr lo mismo GNU Linux te requiere un procesador la mitad de potente que Windows y un tercio de su memoria y la mitad de espacio en el disco duro.Impresionante diferencia.Y eso que Ubuntu es una de las distros que más recursos usa
E)Economía GNU Linux es libre y gratuito puedes instalarlo en las máquinas que quieras y no tienes que pagar por ninguna licencia como ocurre en Windows.Además también son libres y gratuitas sus aplicaciones con lo que te ahorras mucho dinero.Cuenta también que no necesitas cambiar de hardware para cambiar la última versión como sucede en Windows por lo que la diferencia en favor de GNU Linux es enorme
F)Versatilidad y escalabilidad del sistema.En GNU Linux como tienes el código fuente abierto puedes adaptarlo a tu necesidad cosa que es imposible en Windows.Además tu sistema puede crecer acorde a lo que crezca tu empresa u organización
G)Mantenimiento en un servidor por ejemplo le pagan más al personal de administración y seguridad de un sistema Linux y aún asi les resulta mucho más barato que usar Windows porque es mayor su confiabilidad y demanda mucho menos tiempo su mantenimiento
Hay algo que te quede bien claro y por eso lo resalto
Las aplicaciones que se utilizan en GNU Linux son diferentes a las de Windows aunque te permiten hacer las mismas tareas.Aqui tienes equivalencias
http://es.wikibooks.org/wiki/Introducci%C3%B3n_a_Linux/Equivalencias_Windows_en_Linux
Además no existe la cantidad de juegos que hay en Windows
En algunos casos específicos se pueden emular algunas aplicaciones y juegos de Windows empleando el programa Wine
Si ves que vas a extrañar estos y no puedes dejar de emplearlos te sugiero que no desistas de probar GNU Linux.Puedes hacer una instalación con arranque dual que incluya Windows+GNU Linux
Es conveniente que leas las guías antes de la instalación y que tengas un conocimiento del sistema.
Ubuntu es más fácil de instalar y configurar pero Debian es más estable y probado
Todo lo que te digo es con conocimiento de causa y por mi experiencia como usuario de Debian Lenny 5(estable) y de Ubuntu 8.04 LTS y después de haber probado una veintena de distribuciones(muchas excelentes por cierto)