Existen varios programas para hacerlo como el norton partition magic, el paragon partition manager entre otros. El Paragon Partition Manager funciona muy bien asi que una vez que lo tengas, lo abres y automaticamente detecta las particiones de tu disco duro, seleccionas la que quieres formatear y das click derecho y eliges formatear particion. El programa te pide escribir el nombre para que empieze la formateada. Cuando terminas, en este programa cualquier cambio que hagas no se hace de forma inmediata para evitar peligros, asi que una vez que estes seguro entonces das click en la opcion de arriva, aplicar y listo los cambios se abran echo.
La unidad elegida es la unica que se formatea ya que es como si tubieras dos discos duros, una unidad es muy independiente de la otra. asi que no hay peligro de que se borra nada de la unidad E si formateas la C.
Al formatear la unidad C que es donde se encuentra el windows, se abran borrado todos los datos de esa unidad asi que no tendras un windows de arranque y lo tendras que reinstalar desde un disco de arranque.
Otra forma facil y muy rapida de formatear la unidad C es que si tienes el disco de intalacion de windows, si arrancas reiniciando la computadora, solo es cuestion de que al detectarse el dico de windows, te pide que si donde lo deceas reinstalar, eleiges la unidad y te pide formatearla, la formateas e intalas windows mas rapido.